Les noyaux que tu as semés étaient gros ou tout petits et fragiles? Tu sais des fois il n'y a pas 36000 explications.
Pour le substrat, j'utilise du sable ou de la pierre ponce est un terreau riche en éclats de bois. Il doit être bien drainant et surtout pas collant, Vu ce que tu utilises, ça m'a l'air plutôt bon, tu dois donc peut-être chercher le problème au niveau de ton arrosage ou encore une fois te demander si tes graines étaient viables? As-tu drainé au fond de ton pot?
En ce qui concerne les arrosages, le substrat du manguier doit pouvoir ressuyer entre deux arrosages, par conséquent, le conserver constamment humide n'est pas une très bonne chose. Je pense que l'état sanitaire de ton racinaire ne doit pas être au top. Tu n'a qu'à en dépoter un regarder si les racines vont bien, les plonger dans des hormones de croissances bio (de type mycorhizes), rempoter en veillant à ne pas enterrer le collet et bien arroser pour tasser tout ça (en veillant à jeter l'eau superflue évidemment). Tu mets un sachet plastique transparent par dessus pour éviter qu'il ne dessèche. Utilise un pot profond et mets une couche de drainage au fond.